《庚子风云》讲述的是公元1900年及中国历庚子年，八国联军攻占北京，并占领紫禁城，皇太后慈禧(陈莎莉 饰)为避祸携光绪(王坤 饰)帝、大阿哥等人仓惶逃离皇宫，来到西安，最后又安全回宫的故事。
慈禧太后临行前，由于政治立场不同的仇恨，将光绪皇帝深爱的妃子珍妃推入井中杀害。而当太后历尽千难万险来到古都西安时，却发现当地戏班的花魁白牡丹竟和珍妃长得一模一样！而这位本名斯琴(张瑞希 饰)的白牡丹却与在慈禧太后等人逃难至西安这条西行路上，给予了他们莫大帮助的一位从欧洲留洋五年回国的爱国青年陈然(郑元畅 饰)有着夙世姻缘，同时她也和陕西巡抚韩雨轩(谭非翎 饰)同样有着千丝万缕的关系。
